Die 5q-assoziierte spinale Muskelatrophie ist die am meisten vorkommende Variante der SMA.

Hier liegt der Defekt im SMN1 Gen auf Chromosom 5, durch dessen Deletion nur unbrauchbare Informationen zur Erstellung des SMN Proteins vorhanden sind und somit kein brauchbares Protein erstellt werden kann.

Laut heutigem Wissensstand führt dies dazu, dass andere Zellen, die dieses SMN Protein benötigen, wie z.B. hauptsächlich die LowerMotoNeurone, (Nervenzellen für die Steuerung der Skelett-Muskeln) fortschreitend „ihren Dienst quittieren“, da ihnen das SMN Protein nun nur noch in geringerem Maße und mit höherer Fehlerrate über das SMN2 BackUp-Gen zugeführt wird, was in weiterer Folge zu Störungen der Reizübertragung vom Neuron zum Muskel, und daraufhin zur namensgebenden Muskelatrophie führt.